Когда в V и VI вв. в Японию из Китая проникли конфуцианство и буддизм, между синтоизмом и буддизмом возник конфликт. Позднее, в VIII столетии, был достигнут компромисс, в результате которого появилось учение о том, что ками благосклонно приняли буддийские сутры, и с тех пор сутры могли читать во время богослужений. Как следствие, рядом с синтоистскими святилищами выросли буддийские храмы, якобы для того, чтобы сначала услужить ками, затем привязать к буддизму, и наконец, возвысить их до уровня будд (к началу XIX века в стране насчитывалось много таких храмов, объединенных даже с маленькими синтоистскими святилищами). В IX веке некоторые ками стали выполнять роль стражей буддийских храмов. Например, ками храма Хиёси в Сакамото, что у подножия горы Хиэй, стал стражем монастыря секты тэндай в Энрякудзи, а ками храма Нибуцу Химэ в префектуре Вакаяма стал охранять монастырь секты сингон в Конгобудзи, на горе Коя.

Согласно синкретической вере буддистов, первичны будды, а ками — их японские воплощения. Например, в буддизме сингон Богиню Солнца называли не иначе, как высшим воплощением Космического Будды.

В последующие века буддийские богословы развили специальную версию своей веры, соответствующую синтоистской доктрине. В XIII веке в буддизме тэндай появилась синтоистская ветвь санно, а в буддизме сингон возникло понятие двойного аспекта синтоизма «рёбу». В XV веке буддизм Нитирэна выдвинул концепцию «хоккэ-синто» синто-буддийского единства.

В качестве иллюстрации зримого воплощения двойной веры можно привести постройку в начале XVII в. трех знаменитых храмов Хатимана (Уса Хатиман-гу, Ивасимидзу Хатиман-гу и Цуругаока Хатиман-гу) и храм Тосёгу в Никко (в последнем культивировался синтоизм санно-итидзицу, ветвь синтоизма санно.

Однако не все синтоистские лидеры благосклонно смотрели на попытку поглощения их исконной веры иностранными религиями, поэтому в XIII и XIV вв. возникли контрдвижения, стремящиеся утвердить синтоизм в главенствующей роли. Одно из этих движений, Юи-ицу или синтоизм Ёсида, впервые появилось в XIII столетии, но полного развития достигло только в XV в., когда Канэмото Ёсида провозгласил знаменитый лозунг: «Ками первичен, Будда вторичен». Другое учение называлось синтоизм Исэ, оно также известно как синтоизм Ватарай. Синтоизм Исэ в целом относился к буддизму терпимо, однако настаивал на простоте и искренности как высших ценностях и полностью исключал идею о том, что буддийские божества были первичными ноуменами. Эти две школы вместе с несколькими другими были предшественниками синтоизма Возрождения, наиболее выдающимися представителями которого стали сторонники «чистой» веры Норинага Мотоори (1730-1801) и Ацутанэ Хирата (1776-1843).

Синтоизм Возрождения в 1868 году создал духовную основу для Реставрации Мэйдзи. Однако попытка возродить «чистый» синтоизм оказалась успешной лишь частично. Разумеется, из синтоистских храмов удалили большинство буддийских элементов, но убрать их все не удалось. За тысячу лет синкретизма взаимопроникновение религий стало очень прочным. Буддизм оказал несомненное влияние на синтоистскую архитектуру и обрядность.